Günter Wallner wurde in Wien geboren. Er war Mitglied der „Wiener Sänger-knaben“ (u.a. unter dem berühmten Chorpädagogen Prof. Hans Gillesberger) und setzte seine musikalische Ausbildung an der Wiener Hochschule für Musik und darstellende Kunst (Chorleitung bei Johannes Prinz) sowie am Konserva-torium der Stadt Wien - Dirigieren fort.
Direkt nach dem Studium (1999) wurde Günter Wallner als Chordirektor und
Kapellmeister an die Oper Kapstadt (Südafrika) engagiert. Anschließend war er bis 2004 in denselben Funktionen am Staatstheater Nürnberg tätig. Im Jahre 2002 wurde der Opernchor des Staatstheaters Nürnberg unter seiner Führung im „Opernwelt Jahrbuch“ zum Opernchor des Jahres nominiert.
Neben seiner Tätigkeit als Chordirektor war er als Kapellmeister für zahlreiche
Aufführungen verantwortlich u.a.: "Werther",  "Carmen",  "Don Giovanni",  "Rigoletto",  "La Traviata",  "Liebestrank"  u.v.m.
Von 2004 bis 2008 übernahm Günter Wallner die Position des 2. Kapell-meisters am Theater Dortmund, wo er ein breites Repertoire dirigierte u.a. "Schwanensee",  "Madame Butterfly",  "Nussknacker",  "Manon Lescaut", "Nabucco",  "Fidelio",  "Barbiere di Siviglia",  "Hoffmanns Erzählungen",  "Maria de Buenos Aires" u.a.
Seit 2008 ist Günter Wallner Chordirektor und Kapellmeister am Stadttheater Klagenfurt. In dieser Zeit fielen zahlreichen Choreinstudierungen und Dirigate u.a. "La Wally",  "Gräfin Mariza",  "Der fliegende Holländer",  "Hänsel und Gretel",

"Die Winterreise",  "Boris Godunow", "Casanova",  "Aida",  "Der Zigeunerbaron",

"Die Csárdásfürstin",  "Victor/Victoria",   "A Chorus Line",  "Schwanensee",  "Don Giovanni", "Carmen"  und  der  "Der Zauberer von Oz".
Im September 2018 hat Günter Wallner die künstlerische Leitung des Kammerchores Klagenfurt-Wörthersee übernommen und seit Februar 2019 ist er musikalischer Leiter des  Jugendchores der „Singakademie Carinthia“.